一，電鏡主實驗室的設計要求
放置電子顯微鏡的主實驗室（電鏡房）應滿足下列要求：
1，防磁
電鏡的主體-電磁透鏡本身就是一個磁場，很容易受到外界磁場，特別是交變磁場的干擾，使顯微圖像發生單向的模糊，降低分辨本領，有時還會引起照明光斑的漂移和擺動，方案正常觀察，電鏡允許的外界交流磁場應小于2-3毫高斯。
防磁的主要措施是：
1，電鏡室應遠離電臺，大型電機設備，大變壓器及高壓輸電電纜等強磁干擾，以及核磁共振，質譜，高能粒子加速器等強磁儀器
2，電鏡室動力及照明導線要避免形成閉合回路，避免長迂回或單根導線布線，應使去和回的導向相靠近，嚴禁導向從電鏡室地下或頂上通過。
3，才去屏蔽措施，目前有些單位采用鐵網或薄鐵皮作為實驗室的屏蔽材料，理論上講，選擇磁滯特性不顯著，矯頑力和剩磁小的高磁導率軟磁材料做屏蔽效果較好，建議用薄鐵皮和細目鐵絲網做室內四壁和頂的屏蔽比較適宜的。
2，防震
目前各國出廠的電鏡都采用了較好的防震抗震設施，但由于電鏡的分辨率本領不斷提高，對防震要求亦越加嚴格，電鏡鏡筒的振動，尤其是樣品的振動，會使圖像沿振動方向發生位移，使聚焦困難，成像模糊而降低分辨本領
電鏡允許的外界振動（主要是指地面振動）：振幅小于1-3μm（頻率小于五周）
防震的主要措施是：
電鏡室必須遠離鐵路，載重車道，大型沖床，鍛造、汽錘等振動源等；
房屋的結構設計至少應防七級地震，當配置統一空調設備時，機房另建、或采用離體結構，并考慮消音和減震等措施；
采用減震墊或增設電鏡的獨立基礎（防震座），可依不同型號電鏡的實際需要做成適當面積的大塊或鋼筋混泥土實心結構基礎；
為防止電鏡冷卻水的振動，保持水壓，流速的恒定，可采用加長供水軟管或裝配減壓瓣來穩定水壓的辦法；
3，防塵
電鏡的根本效能在于他的高分辨率本領和高放大能力，影響分辨率放大，而又難于排除的主要因素就是樣品的污染，這種污染來自環境條件和電鏡本身，電鏡要求的潔凈等級至少應達到萬級，室內噪音小于60分貝
防塵的主要措施是：電鏡建筑事宜選擇在環境清潔，綠化較好的場所，應該避開多風沙，多煙塵，和有腐蝕性氣體污染的區域，實驗室工藝布置合理緊湊，盡可能減少潔凈室面積,在滿足工藝要求的前提下，室內層高高度盡量降低，減少換氣次數,在電鏡，切片，離心機室應有緩沖間,設置統一空調設備，要求盡量減少渦流
4，供電系統
電鏡對于電源的根本需求是輸入電壓和頻率的穩定性，電壓的突然波動必將引起儀器個電路系統的瞬間的不穩定，影響正常操作性能。當電壓波動較大時，容易產生故障而損害儀器。此外還要求供電系統避免產生干擾磁場，避免灰塵積聚，保證供電安全
電鏡室，確保電源線應由變壓器或配電室直接引出，形成電纜，切不可 與其他大功率電器設備合用電纜，且輸出功率大于電鏡輸入功率3-5kw，
接地電阻小于5-10Ω
5，供水系統
實驗室除常規用水外，電鏡（鍍膜機等）還需要在恒溫條件下才能穩定的運轉，應有“恒溫冷卻循環水系統”水溫為20±5°，水壓為2-5公斤/cm，流量3-5升/分
6，室內通風與溫度
電鏡要求環境溫度為20正負1，濕度7%一下
7，其他
實驗室應該常備防火器具，電路應設有火災探測器和報警器,實驗室外門應常閉，可安裝電鈴呼叫,實驗室應設置應急照明,管道出風口，應該平均分散,防蟲防鼠,電鏡實驗室平面工藝方案,一個完整的電鏡實驗室應包含：電鏡房/制樣室/離心機室/切片機室/暗室
對于非生物電鏡室，可根據試劑需求刪減